Le Musée Cerlogne fut inauguré le 20 octobre 1963 dans les locaux de l'ancienne maison communale de Saint-Nicolas, pays natal de l'abbé Jean-Baptiste Cerlogne. Une délibération du Gouvernement régional en constitue l'acte de naissance avec la nomination de René Willien comme conservateur du Musée.
L'aménagement du Musée fut réalisé par le Professeur Amédée Berthod, tandis que le premier étage fut destiné à accueillir le Cefp, à partir de 1967, où avaient déjà lieu les journées d'information.
Depuis 1987, avec l'installation du Cefp dans les locaux de son nouveau siège à Fossaz Dessus, le Musée Cerlogne acquit deux étages pour les expositions : le réaménagement des locaux par les soins de Guido Corniolo fut réalisé en 1992, année de la première exposition d'été.
À partir de cette année, des expositions temporaires sont aménagées chaque été, grâce au soutien financier de l'Administration régionale, en collaboration avec l'Administration communale de Saint-Nicolas. Depuis 2011, le vernissage de l'exposition allie le théâtre ou la musique et les valeurs sociales et culturelles de la rencontre entre personnes aux thématiques faisant l'objet de l'exposition, en faisant de la Place de la cure et de son décor suggestif le cœur de cet événement culturel.
La salle du rez-de-chaussée accueille toujours une exposition permanente illlustrant la vie et l'oeuvre de l'abbé Cerlogne : le dernier réaménagement date de 2002 et porte la signature du graphiste Tranti.